O Centro de Estudos do Mar foi criado como unidade de pesquisa da Universidade Federal do Paraná em 1980, quando foi organizado o primeiro núcleo de pesquisadores. A sede em Pontal do Sul possui um prédio central de 2000 m² de área construída, abrigando gabinetes de professores, laboratórios especializados, biblioteca, auditório, laboratórios gerais e salas de administração. Outros três edifícios abrigam salas de aula, laboratórios de ensino e de informática.  A frota de pesquisa conta com várias pequenas embarcações e dois barcos de médio porte. A equipe científica do CEM é atualmente composta por 52 docentes e aproximadamente 37 técnicos.

Em consonância com o plano de reestruturação e expansão do ensino superior no país e a necessidade de professores na área de ciências exatas, foi instituído o Curso de Licenciatura em Ciências Exatas ofertado na unidade Mirassol, localizado no Balneário Mirassol. Composta por salas de aula, salas de professores, laboratórios e a biblioteca. 

O Centro de Estudos do Mar visa promover a educação de excelência nas áreas de Ciência do Mar e Engenharia em Ambiente Costeiro através do ensino, pesquisa e extensão, interagindo de forma ética e produtiva com a comunidade para o desenvolvimento social focado em um ambiente costeiro e marinho preservados. Ofertando 180 vagas distribuídas nos cursos abaixo.

Cursos de Graduação: Ciências Exatas, Engenharia Ambiental e Sanitária, Engenharia Civil, Engenharia de Aquicultura e Oceanografia.

Cursos de Pós-Graduação: Mestrado e Doutorado em Sistemas Costeiros e Oceânicos.